引发肉芽肿性胃炎的病因较多且复杂，它可以是系统性疾病的一部分，也可由非特异性致病因子引发，称为非特异性肉芽肿性胃炎。
1、胃的霉菌感染：主要见于含珠菌病、组织浆菌病、毛霉菌病和放线菌病，多发生于免疫功能低下的全身衰弱患者。白色念珠菌在胃的溃疡或糜烂底部和边缘可找到；组织浆菌病往往可并发胃出血，出血来源于巨大皱襞的溃疡或糜烂；毛霉菌病典型病变是胃的深溃疡、出血和穿孔，溃疡边缘有黑色硬结。
2、结核杆菌感染：其主要病变在肠道，但已有报告发现胃结核，粘膜活检如找到特征性的干酪性肉芽肿可确诊。
3、胃梅毒：其特点是皱襞增厚，一般伴有糜烂，特征类似于恶性肿瘤。二期梅毒胃粘膜病理变化无特异性，炎症细胞浸润程度较高；二期晚期、三期梅毒时出现肉芽肿反应，其诊断依据是找到梅毒螺杆菌。
4、Crohn病胃炎：很少见，发生于胃窦部和幽门，十二指肠、小肠和结肠常同时被侵犯。
5、结节病侵犯胃肠道：很少见，一般可见有幽门梗阻或胃肠出血，胃镜可发现胃粘膜呈皮革样外观、溃疡、糜烂和胃皱襞增粗。肉芽肿常在病灶边缘发现。